شعبة المخازن يكون على عاتقها ادخال جميع المواد المشتراة بالطرق الاصولية يتم جرد المخازن سنوياً وتقديمها الى الجهات المختصة (ديوان الرقابة – وزارة التعليم العالي والبحث العلمي) ويتم صرف المواد حسب الموافقات من المراجع العليا.