رسالة ماجستير في كلية العلوم تناقش بناء شجرة النشوء والتطور للكشف عن التطور التفصيلي للسارس-كوفيد 2

ناقش قسم علوم الحاسوب في كلية العلوم بجامعة ديالى رسالة الماجستير الموسومة بـ (بناء شجرة النشوء والتطور للكشف عن التطور التفصيلي للسارس-كوفيد 2 ). للطالب علاء خضير عباس.

هدفت الرسالة الى بناء شجرة النشوء والتطور لاستنتاج العلاقات التطورية، وكيف ومتى اختلفت الأصناف عن سلفها المشترك، لتحديد الكائنات الحية الأكثر ارتباطًا ببعضها البعض ، وفهم أنماط وعمليات التنوع بين الكائنات الحية، المختلفة بناءً على مقارنة الخصائص الجينية المختلفة.

تضمن النظام المقترح في هذه الدراسة  ثلاثة أجزاء رئيسة: أولاً بعد الاسترداد المباشر لبيانات الجينوم الكامل لـ SARS-CoV-2 وتسلسلات فيروس كورونا من الأجناس الأخرى (ألفا، بيتا، كاما ودلتا) من المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI)) عن طريق رقم الانضمام للتسلسل، يتم تطبيق خوارزمية محاذاة التسلسل المتعدد (MSA) لمحاذاة التسلسلات المتعددة. ثانيًا بناء أشجار النشوء والتطور بشكل أسرع وأكثر قوة باستخدام خوارزميات ربط الجوار (NJ)، والحد الأقصى من البخل (MP)، والاحتمالية القصوى (ML)، ثم تقييم ثقة وقوة الأشجار باستخدام قياسات التمهيد؛ وثالثًا تحليل هذه الأشجار للكشف عن التطور التفصيلي للجينومات، مثل تعدد أشكال النيوكليوتيداالمفردةوالطفرات، وعمليات الإدخال والحذف .

أظهرت الرسالة نتائج تم فيها تطبيق الطرق الثلاث NJ وMP وML لبناء أشجار النشوء والتطور للجينوم الكامل وأربعة أجناس من فيروس كورونا  حيث تم الحصول على شجرة النشوء والتطور مدعومة جيدًا وجديرة بالثقة بقيمة تمهيدية بنسبة 100% لجميع فروع الأشجار عند تطبيق طريقة ML لكل جنس من أجناس فيروس كورونا.